提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
在新征程更好弘扬伟大建党精神******
作者:张传泉
100多年前,中国共产党的先驱们创建了中国共产党,形成了“坚持真理、坚守理想,践行初心、担当使命,不怕牺牲、英勇斗争,对党忠诚、不负人民”的伟大建党精神。党的二十大报告把“弘扬伟大建党精神”纳入大会主题,提出“弘扬以伟大建党精神为源头的中国共产党人精神谱系”。奋进新征程,建功新时代,我们必须弘扬伟大建党精神,赓续中国共产党人精神谱系,增强全党全国各族人民的志气、骨气、底气,不断夺取坚持和发展中国特色社会主义新的更大的胜利。
始终坚持真理、坚守理想,不断用党的创新理论武装头脑、指导实践、推动工作。陈望道在翻译《共产党宣言》时,把粽子蘸着墨汁吃掉却浑然不觉,留下一段“真理的味道非常甜”的佳话。拥有马克思主义科学理论指导,是我们党坚定信仰信念、把握历史主动的根本所在。今天,我们必须更加积极主动学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想,更加坚定树立共产主义远大理想和中国特色社会主义共同理想,增强为实现中华民族伟大复兴而不懈奋斗的信心和决心。
始终践行初心、担当使命,以中国式现代化全面推进中华民族伟大复兴。新时代十年,我们经历了对党和人民事业具有重大现实意义和深远历史意义的三件大事,这正是以初心激励担当、以使命创造辉煌的生动体现。我们必须牢记中国共产党是什么、要干什么这个根本问题,始终做走在时代前列的奋进者、开拓者、奉献者,走好新的赶考之路。
始终不怕牺牲、英勇斗争,全力战胜前进道路上各种困难和挑战。从“砍头不要紧,只要主义真”的夏明翰,到“为苏维埃新中国流尽最后一滴血”的陈树湘,再到以“钢少气多”力克“钢多气少”的志愿军将士,我们党之所以历经百年而风华正茂、饱经磨难而生生不息,就是凭着那么一股革命加拼命的强大精神。当前,我国发展进入战略机遇和风险挑战并存、不确定难预料因素增多的时期,我们必须坚持发扬斗争精神,不信邪、不怕鬼、不怕压,依靠顽强斗争打开事业发展新天地。
始终对党忠诚、不负人民,实现好、维护好、发展好最广大人民根本利益。一大党纲中明确规定:申请入党者必须是“愿成为忠实的党员者”。弘扬伟大建党精神,每一名党员都必须切实把忠诚于党和人民落实到具体行动上。从脱贫攻坚路上的“一个都不能少”到抗疫战场的“人民至上、生命至上”,无不充分表明,只要对党绝对忠诚,始终把人民放在心中最高位置,就能不断实现人民对美好生活的向往。
伟大建党精神是中国共产党的精神之源,集中体现了党的坚定信念、根本宗旨、优良作风,为立党兴党强党提供了丰厚精神滋养。广大党员干部用伟大建党精神滋养身心、激励担当,提振“精气神”,挺直“腰杆子”,必能更好带领人民群众为全面建设社会主义现代化国家团结奋斗。(张传泉)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)